ปัญหาเกี่ยวกับมะละกอในประเทศไทยมีทั้งปัญหาการผลิต และการตลาด ในด้านการผลิตนั้นโรคใบด่างวงแหวนที่เกิดจากเชื้อไวรัส ทำให้ผลมะละกอด้อยคุณภาพลง และต้นมะละกออายุสั้นลง ตายเร็ว มีการพยายามแก้ปัญหาโดยจะนำเข้ามะละกอจีเอ็มโอจากสหรัฐ ซึ่งอ้างว่าแก้ไวรัสได้ แต่ยุโรปซึ่งเป็นผู้ซื้อฟรุตสลัดที่สำคัญของไทยแจ้งว่า หากตรวจพบมะละกอจีเอ็มโอในฟรุตสลัดของไทยก็จะระงับการซื้อทั้งหมด หมายถึงผลไม้ต่าง ๆ ในฟรุตสลัดก็จะไม่ได้ขายเช่นกัน